Sorties botaniques et APG4
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- Mis à jour : jeudi 26 mars 2020 13:04
- Écrit par Jean-Claude Ory
Comme vous le savez peut être, des botanistes du monde entier travaillent sur une révision de la classification traditionnelle des plantes vertes en classes, sous-classes, ordres, familles, genres, espèces. Cette révision se fait dans le cadre de l'AGP soit Angiosperm Phylogeny Group (http://www.mobot.org/MOBOT/Research/APWeb/).
Ils utilisent pour cela les comparaisons entre génomes, non seulement ceux du noyau des cellules végétales, mais aussi ceux des organites du cytoplasme, comme les mitochondries, les chloroplastes et les différents plastes, qui disposent chacun de leur propre ADN. Ces recherches jointes à l'observation des autres caractères sont traitées par des méthodes statistiques puissantes et convergentes et conduisent à revoir les périmètres qui faisaient auparavant consensus.
Le but est de vérifier que les lignées évolutives précédemment établies sont bien justes, c'est à dire que les groupes de plantes à tous les niveaux, descendent bien d'un même ancêtre.
La classification traditionnelle reposait sur l'observation des caractères visibles, qui sont certes l'expression des gênes. Mais on ne soupçonnait pas à quel point les pressions environnementales pouvaient provoquer des convergences évolutives, c'est à dire provoquer l'émergence des mêmes caractères dans des lignées très différentes.
De ce fait, l'analyse génomique à fait "exploser" certaines familles, comme les Scrophulariacées et bien d'autres. De même elle remanie profondément les ordres, les classes, etc.
La notion même d'ordres et de classes est remise en cause, au profit de celle de clades, car on s'aperçoit que le nombre de niveaux de classement nécessaires pour décrire la biodiversité dépasse largement les 6 niveaux de la classification traditionnelle rappelés ci-dessus.
Pour donner une image, les clades sont des sortes de super-poupées russes qui s’emboîtent les unes dans les autres, sauf que chaque poupée peut contenir plusieurs poupées de rang immédiatement inférieur. Chaque poupée est l'ancêtre de toute celles qu'elle contient: c'est ce qu'on appelle un groupe monophylétique.
Si vous vous rendez sur le site de l'APG dont j'ai mis le lien ci-dessus, vous verrez que c'est complexe, mais qu'il est aussi possible d'en tirer des visions synthétiques.
Le groupe APG a débuté ses travaux dans les années 1990. Il a produit une 3ème version de classification en 2009, dite APG 3 puis une 4ème en 2016, dite APG 4. On se rend bien compte qu'il y en aura encore d'autres, car les zones d'incertitudes sont très nombreuses. De plus on sait maintenant qu'il existe des transferts "horizontaux" de gênes, en plus de l'héritage génétique "vertical"...
Etant curieux des proximités familiales entre les plantes que nous observons lors de nos sorties botaniques, j'ai fait un tableau de synthèse qui donne une vision simplifiée de l'arbre phylogénétique selon APG4 et j'y ai mis sans prétention les ordres et les familles que nous rencontrons habituellement.
Ce n'est qu'une approximation naturellement, mais qui donne du sens à nos observations de terrain.
Cliquer sur le lien suivant pour télécharger le tableau:
Geranium pyrenaicum, La Roque Esclapon
